Pracę i studia przerwała jej w maju 1920 r. choroba płuc i wyjazd do Zakopanego na leczenie. Zapoczątkował on liczne dalsze pobyty zdrowotne w tej miejscowości, z którymi łączył się ważny okres w życiu M. Znamierowskiej — m.in. dorywcza praca w Muzeum Tatrzańskim (1933) oraz liczne przyjaźnie (z M. Kasprowiczową, J. Zborowskim i in.). W1.1918-20 związała się ze Stanisławem Puchalskim, rówieśnikiem, znanym jeszcze z Libawy, legionistą, uczestnikiem wojny polsko-bolszewickiej. Silne uczucie obojga doprowadziło do zawarcia w 1920 r. w Wilnie krótkotrwałego, jak się potem okazało, małżeństwa.
Kwalifikacje muzeologa, zdobywane w Muzeum USB w Wilnie, uzupełniała podczas licznych podróży zagranicznych (Francja 1925, Węgry 1927, Czechosłowacja, Austria, Jugosławia 1929, Szwecja, Norwegia, Dania 1930, Litwa 1931, Finlandia, Estonia 1935, Niemcy 1938). Dzięki znajomości języków obcych nawiązała wówczas żywe i trwale kontakty naukowe. Wymianie doświadczeń służyła także jej przynależność do Związku Muzeów w Polsce, a w szczególności udział w zjazdach związku, z których jeden (23-26 VI 1934) odbył się w Wilnie. W 2. poł. 1. 30. sprawowała jako kustosz faktyczne kierownictwo muzeum. Pracowała ponadto jako asystent, a następnie adiunkt u K. Moszyńskiego. W 1. 1936-39 prowadziła ćwiczenia etnograficzne w Szkole Nauk Politycznych przy Instytucie Naukowo-Badawczym Europy Wschodniej w Wilnie.
15. XII 1939 władze litewskie zlikwidowały Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie. W1.1940-41 M. Znamierowska-Prufferowa pracowała w Muzeum Etnograficznym bez wynagrodzenia, następnie została zatrudniona jako „konserwator" (maj 1941), potem jako kierownik działu muzeum, które od stycznia 1941 r. podlegało Litewskiej Akademii Nauk. W 1942 r. opublikowała w czasopiśmie etnograficznym „Gimtasai Krasztas", wychodzącym w Szawlach, 3 artykuły dotyczące zbiorów muzealnych (w jęz. litewskim). Zwolniona z pracy w 1942 r., zatrudniła się jako nauczycielka prywatna, zaś od 1943 r. włączyła się do nauczania na tajnych kompletach gimnazjalnych (obok męża, który przez 3 lata niemieckiej okupacji Wilna uczestniczył w tajnym nauczaniu na poziomie średnim i wyższym). Pomagała także mężowi w przygotowywaniu kolekcji owadów do sprzedaży w sklepach wileńskich. Po opuszczeniu miasta przez Niemców została zatrudniona w lipcu 1944 r. w Urzędzie Konserwatorskim Republiki Lite¬wskiej, by w grudniu 1944 r. przejść do Wileńskiego Muzeum Sztuki.
Świadomość zbliżającej się konieczności opuszczenia ukochanego Wilna, w którym spędziła najpiękniejsze lata życia, skłoniła w 1944 r. M. Znamierowską-Prufferową do wędrówek po mieście i sporządzania notatek opisujących miejsca, zabytki, zróżnicowaną etnicznie ludność, atmosferę itd. Zapiski te, wraz z wcześniejszymi, zebrała w tomie Wilno — miasto sercu najbliższe, swoistym pamiętniku miasta (Białystok 1997).
7 VII 1945 z transportem repatriacyjnym pracowników Uniwersytetu Stefana Batorego wyruszyła z mężem z Wilna do Polski. Po tygodniu przybyli do Torunia. Zatrudniona od listopada 1945 r. jako adiunkt w Katedrze Etnologii i Etnografii, kierowanej przez B. Stelmachowską, na nowo utworzonym Uniwersytecie Mikołaja Kopernika, podjęła natychmiast próby utworzenia uniwersyteckiego muzeum etnograficznego na wzór wileński. Wobec niesprzyjających okoliczności musiała z tego zrezygnować. Jesienią 1946 r. wyjechała na miesięczną kurację do Szwajcarii Pobyt przedłużyła, by zapoznać się z organizacją muzeów i naukowych instytucji etno¬graficznych w kilku miastach, odwiedziła też muzeum polskie w Rapperswilu. Po powrocie przystąpiła do organizacji Działu Etnograficznego Muzeum Miejskiego w Toruniu. Do końca 1948 r. kierowała nim, nie pobierając wynagrodzenia. Jej intensywne „wycieczki terenowe", podejmowane często na własny koszt, zaangażowanie jedynej etatowej współpracownicy, M. Polakiewicz, oraz wciągnięcie do pomocy członków PTL, pozwoliły na zgromadzenie na tyle reprezentatywnej kolekcji etnograficznej, że możliwe stało się urządzenie już we wrześniu 1948 r. stałej wystawy kultury ludowej Pomorza i Kujaw. Była to pierwsza w Polsce ekspozycja etnograficzna obejmująca obiekty zebrane po II wojnie światowej.
Z końcem r. akademickiego 1948/49 M. Znamierowska--Prufferowa odeszła z UMK i objęła stanowisko kustosza Działu Etnograficznego w Muzeum Miejskim (1949-58), następnie, przy pomocy utworzonego przez siebie Społecznego Komitetu, przekształciła dział w samodzielne Muzeum Etnograficzne, dla którego pozyskała odpowiednią siedzibę w centrum miasta.W1955 r. Centralna Komisja Kwalifikacyjna Ministerstwa Szkolnictwa Wyższego nadała jej tytuł profesora nadzwyczajnego. Obszerna praca habilitacyjna Rybackie narzędzia kolnę w Polsce i krajach sąsiednich ukazała się drukiem w 1957 r. w Toruniu (wersja ang.: Waszyngton 1966).
Po śmierci B. Stelmachowskiej, mając za sobą poparcie środowiska etnografów, M. Znamierowska-Priifferowa otrzymała w r. akademickim 1958/59 stanowisko kierownika Katedry Etnografii UMK, a w 1959 r. została dyrektorem Muzeum Etnograficznego w Toruniu. Placówka mieściła się początkowo w zaadaptowanym XIX-wiecznym arsenale (z pobliskim fortem i jednopiętrowym budynkiem gospodarczym), a od r. 1962 także w nowo wybudowanym, staraniem M. Znamierowskie-Prufferowej, dwuskrzydłowym pawilonie (z salami wystawową,
Pod 13-letnim kierownictwem M. Znamierowskiej-Priifferowej w muzeum zgromadzono ponad 15 000 obiektów etnograficznych, powstało zasobne archiwum zapisów folkloru ustnego i nagrań magnetofonowych folkloru muzycznego, a także specjalistyczna biblioteka (w niej oprócz publikacji polskich znalazły się książki pozyskane drogą wymiany i kontaktów osobistych w wielu krajach Europy i Ameryki Pn.), archiwum fotograficzne, nakręcono kilka filmów wąskotaśmowych, urządzono znakomite magazyny zbiorów, przystosowane do prezentowania specjalistom. M. Znamierowska-Prufferowa potrafiła w trudnych czasach zdobywać pieniądze i znajdować możliwości druku wydawnictw muzealnych, nie tylko folderów, lecz także obszernych przewodników, monografii i in. (łącznie 16 pozycji, nie licząc drobnych druków okazjonalnych), wykorzystywała też wszelkie możliwości publikowania w wydawnictwach obcych. Nie zaniedbując gromadzenia i starannego dokumentowania zbiorów, przywiązywała wielką wagę do działalności popularyzatorskiej muzeum. Przepełniona ogromną pasją, energią i pracowitością, dbała o rozwój naukowy pracowników i zarażała ich swym entuzjazmem. Wiele wysiłku włożyła w organizowanie muzeum tradycyjnego rybołówstwa w Jastarni na Helu, które ostatecznie otwarto dopiero po jej śmierci Odbyła dwie prywatne podróże zagraniczne: do Kanady, gdzie m.in. odwiedziła osadę Kaszubów (1987), i ostatnią, pożegnalną do Wilna (1988).
Bibliografia prac M. Znamierowskie-Prufferowej liczy ponad 130 pozycji; W 1959 r. zmarł jej mąż i wielki przyjaciel, prof. Jan Priiffer, wybitny uczony, zoolog. Małżeństwo było bezdzietne. M. Znamierowska-Prufferowa zmarła 20 VIII 1990 w Toruniu; pochowana została na cmentarzu św. Jerzego przy ul. Gałczyńskiego. W testamencie przekazała Muzeum Etnograficznemu w Toruniu księgozbiór, archiwalia naukowe i osobiste oraz wybrane meble i pamiątki.
za: "Etnografowie i ludoznawcy polscy" Kraków 2002r., autorki: mgr Hanna Muzalewska-Alexandrowicz, mgr Ewa Arczyńska