W celu wspierania myśli chrześcijańskiej i propagowania zgodnego z nią życia zostali sprowadzeni do Kalisza w roku 1583 przez prymasa, arcybiskupa gnieźnieńskiego Stanisława Karnkowskiego, zakonnicy z założonego przez Ignacy Loyola Towarzystwa Jezusowego, Jezuici. Dzięki fundacji prymasa Stanisława Karnkowskiego powstało Kolegium Jezuickie. W roku 1584 arcybiskup gnieźnieński Stanisław Karnkowski ofiarował place budowy, domy i ogrody pod przyszłe kolegium oraz dekret erekcyjny. Zapisał również wiele wsi które dawały kolegium uposażenie. Projekty budowlane zostały zatwierdzone przez generała Towarzystwa Jezusowego w Poznaniu i wydano kolejne dokumenty fundacyjne w których uregulowano kwestie prawne, przystąpiono do budowy kompleksu zabudowań jezuickich w Kaliszu. Od roku 1584 kolegium zaczęło swoją działalność. Znajdowało się ono w domu biskupim przy kolegiacie. Potem budowano szkoły i bursy. Otwarto klasy gramatyki i syntaksy, w roku 1585 klasy poetyki, a później klasy retoryki. Wśród przedmiotów nauczanych były jeszcze retoryka dla kleryków jezuickich, teologia moralna, katedra teologii dogmatycznej, kurs matematyki. Na początku XVII wieku na wysokim poziomie były obserwacje astronomiczne i nauka matematyki. Budowa budynków jezuickich rozpoczęła się w roku 1586. Najpierw wzniesiono budynek kolegium który został postawiony częściowo poza obrębem miasta. Był w miejscu obecnego Starostwa (dawny Pałac Gubernatorski). Na wyburzenie części murów miejskich zgodę wydał król Zygmunt III w roku 1590. Prace przy budowie kolegium i nowych murów obronnych ukończono jesienią w roku 1591. Obok tego budynku, pośrodku istniejącego kolegium, pobudowano w latach 1592-1597 kościół pod wezwaniem Św. Wojciecha i Św. Stanisława Biskupa.
Kościół jest świątynią trójnawową z emporami. Kościół zaprojektował jezuita architekt Giovanni Maria Bernardoni z Cagno, Włochy. Należy on do najwcześniejszych polskich kościołów barokowych. Obecnie po katedrze w Lublinie i kolegiacie Bożego Ciała w Jarosławiu jest to najstarszy kościół jezuicki w Polsce. Kościół w Kaliszu był jednym z pierwszych kościołów nie gotyckich gdzie wzorowano się na kościele pw. Najświętszego Imienia Jezus w Rzymie. Wzorcem był główny, macierzysty kościół zakonu jezuitów w Rzymie. Świątynia stanowiła wzór dla wielu barokowych kościołów jezuickich znajdujących się na terenie Europy. Kaliski kościół był mniejszy od rzymskiego a zamiast kaplic w nawach bocznych wykorzystano jedynie wnęki w ścianach chociaż ołtarze nazywano kaplicami. Fasadę ozdobioną portalem wykonano już w roku 1589. Nad portalem jest umieszczony z kartuszem (obramowanie) herb prymasa Stanisława Karnkowskiego, Junosza. Podobnie jak w rzymskiej świątyni na fasadzie umieszczono pilastry, element architektoniczny w formie płaskiego filara niewiele występującego przed ścianę. Fasada z portalem zachowała się do dziś, podobnie wygląd pozostałych elewacji. Wewnątrz kościół posiada jasną i obszerną nawę oraz prezbiterium oświetlone dzięki oknom i lunetom, elementom sklepienia w postaci poprzecznej kolebki przenikającej się z kolebką sklepienia głównego. Kompozycja architektoniczna i światło miało na celu skierowanie uwagi wiernych ku ołtarzowi głównemu. W nawach bocznych gdzie umieszczono kaplice z ołtarzami panował półmrok co sprzyjało modlitwie. Takie oświetlenie było charakterystyczne dla baroku. Podobnie jak w kulturze kościołów jezuickich ważne miejsce zajmowała kościelna muzyka liturgiczna, pozaliturgiczna i pieśniowa. Dzięki świetnej akustyce w kościele pojezuickim często organizowane są koncerty symfoniczne, recitale organowe, czy też występy chórów. Początkowo wnętrze kościoła było surowe. Ściany były tylko bielone z namalowanymi krzyżami konsekracyjnymi i ozdobione obrazami. Posadzka była wykonana w nawie głównej z drobnych ceramicznych płytek a ołtarz główny i dwa w nawach bocznych początkowo były drewniane. Od roku 1617 pojawiły się inne ołtarze. Do najstarszego wyposażenia zaliczana jest zdobiona ambona fundacji prymasa Stanisława Karnkowskiego z roku 1599. W latach 1715-1718 wykonano w prezbiterium nowy ołtarz z figurami patronów kościoła św. Wojciechem i św. Stanisławem oraz figurami św. Ignacego Loyoli i św. Franciszka Ksawerego. W ołtarzu umieszczono obraz św. Michała. Ołtarz ten bez figur św. Ignacego Loyoli i św. Franciszka i z obrazem Augusta Bartelmanna „ Wniebowstąpienie ” z 1887 roku przetrwał do dziś. W latach 70.XX wieku odkryto cztery krypty w nawie południowo zachodniej. W czasie prac archeologicznych w latach 2018-2019 odkryto trzynaście krypt. Jedną z siedemnastu krypt udostępniono do zwiedzania. Krypta była pusta ale przy wejściu leży czarna trumna z tamtej epoki. Krypty powstały pewnie w trakcie budowy kościoła a inne później. Ściany krypt są z cegły, kształt podłoża prostokątny większe o wymiarach 246x358x190 cm, a najmniejsze liczyły 212x280x212 cm. Prowadziło do nich kilka stopni schodów. W tym kościele pochowani byli między innymi prymas Stanisław Karnkowski którego szczątki przeniesiono w roku 1798 do pobliskiej bazyliki oraz pochowany był starosta żywiecki Krzysztof Czarnecki, ojciec hetmana Stefana Czarneckiego h. Łodzia. Po tym roku pochówki z kościoła i część wyposażenia przeniesiono do pobliskiej kolegiaty, dziś bazyliki. Zachowały się do dziś epitafia (pamiątkowe tablice o zmarłych). Najstarsze z nich to epitafium prymasa Stanisława Karnkowskiego z roku 1611. Następne epitafium z roku 1622 sławi Teodora Dadźboga Karnkowskiego, dworzanina królewskiego Zygmunta III a później wojewoda dorpacki. Jest i w kościele płyta nagrobna Jana i Katarzyny Ciświckich z Żernik pochodząca z roku 1575. Wiele razy będąc na mszy niedzielnej wpatrywałem się w tą płytę i jej szczegóły. Podobała mi się. Ta płyta znajdowała się do roku 1942 w kapliczce we wsi Żerniki nad Prosną. Hitlerowcy rozebrali tą kapliczkę a jeden z mieszkańców ukrył płytę. Około roku 1953 płytę wmurowano w filar między nawami. Jest to obecnie najstarszy zabytek w tym kościele.
Kościół jest dobrze opisany. Jezuici wykonywali inwentaryzacje wyposażenia kościoła w latach od 1601 do 1751. Opisywali lokalizacje i wygląd ołtarzy w tym kościele. Zachowały się w nawach bocznych sztukaterie o ornamentach barokowych w które wpleciono symbole chrześcijańskie. Po prześledzeniu symboli ornamentów na sklepieniach odnaleziono związek z kaplicami ustawionymi w nawach bocznych. Malowidła i ozdobne sztukaterie poświęcone były patronom kaplic, obrazom w nawach bocznych. Przedstawiały sceny z ich życia, przedstawiały cuda jakie czynili. W centralnym polu kratek nad kaplicami były monogramy patronów. Do dziś zachowane sztukaterie i ażurowe kratki z monogramami patronów wskazywały miejsce kaplicy. Na ścianach w bocznych nawach pozostały ślady po usuniętych ołtarzach, zarys gzymsów czy fragmenty stiuków. Każde przęsło to wspomniana kaplica. Po stronie prawej jak patrzysz na wielki ołtarz kaplice poświecono Świętym Ojcom Zakonu męczennikom którzy przez działalność apostolską dawali swoje świadectwo wiary. Po lewej stronie, patrząc na wielki ołtarz, kaplice poświęcono świętym którzy czcili Maryję i ślubowali jej czystość oraz zmarli młodo. Cztery środkowe ołtarze poświęcone były najpopularniejszym świętym jezuickim . Kaplice poświęcone były :
- Chrystusowi ukrzyżowanemu - z ołtarzem z czarnego marmuru na blasze, tzw. kaplica Szyszkowskich z ołtarzem Matki Boskiej Bolesnej z roku 1638 ufundowana przez Mikołaja Szyszkowskiego a rozebrana w XIX w. Była dostawiona do narożnika nawy kościoła. W kaplicy tej zatrudniony był przez kolegium ksiądz i muzycy. - kaplica św. Ignacego Loyoli który był założycielem Towarzystwa Jezusowego, pierwszym generałem zakonu - kaplica św. Franciszka Ksawerego, patrona misjonarzy - kaplica świętych Męczenników Japońskich. Ażurowa przesłona nad kaplicą tak jak inne informuje o trzech męczennikach japońskich: Paweł Miki, Jan Soan de Goto i Jakub Kisai. Męczennicy Japońscy z Nagasaki byli w XVII i XVIII w. otoczeni szczególnym kultem jezuitów . - kaplica Matki Boskiej była przy ścianie sąsiadującej z prezbiterium gdzie ustawiony był ołtarz Matki Boskiej Śnieżnej sprzed roku 1626 . Około roku 1737 do kaplicy wstawiono drugi ołtarz Matki Boskiej Posiłkującej. - Kaplica św. Stanisława Kostki. Stanisław Kostka był pierwszym Polakiem, zgłoszonym do nowicjatu jezuitów. Stanisław nie ukończył nowicjatu bo ciężko zachorował i zmarł 15 sierpnia w roku 1568 w Rzymie, w uroczystość Wniebowzięcia NMP. Jest patronem Polski i patronem młodzieży na całym świecie. - kaplica św. Alojzego Gonzagi, patron studiującej młodzieży. - kaplica św. Franciszka Borgiasza, kaplica do roku 1751 nie miała ołtarza a prawdopodobnie przed rokiem 1773 zmieniono wezwanie i ustawiono ołtarz św. Kazimierza.
Zwiedzając dziś kościół garnizonowy to możesz zapoznać się na szklanych tabliczkach z opisem tych kaplic, pod jakim wezwaniem była tu kaplica, o historii kaplicy, o ich wystroju, wyposażeniu oraz znaczeniu symboli i przedstawień.
W roku 1613 wymieniono w inwentarzu emporę muzyczną, taki balkon nad wejściem do kościoła. Na emporze ustawione były organy wspomniane w inwentarzu jezuickim z roku 1682. Chór muzyczny istniejący dziś wzniesiony został w roku 1878 z dodanym piętrem dolnym przeznaczonym dla kaliskich fabrykantów. Wznieśli go ewangelicy. Wejście na emporę było wąskim korytarzem z kolegium. Korytarz od głównego wejścia kolegium do zakrystii, prezbiterium i na empory był schodami wykonanymi w obrębie grubego muru. Schody znajdujące się w klatce schodowej prowadziły do korytarza na piętrze gdzie łączyły się z drugim piętrem kościoła i kolegium.
Przy kościele była wieża przylegająca do prezbiterium kościoła. Według zapisów w tej wieży znajdowało się pierwsze w Polsce profesjonalne obserwatorium astronomiczne. W latach 1614–1618 prowadzono tu obserwacje plam na Słońcu. Plamy obserwował belgijski jezuita Karol Malapert, żyjący w latach 1581–1630, który w roku 1613 przybył do Kalisza. Malapert współpracował z Szymonem Peroviusem i z Aleksym Sylviusem. Każdy z nich wykładał później na różnych uczelniach europejskich. Do swoich obserwacji stworzyli oni tzw. montaż paralaktyczny umożliwiający podążanie za pozornym ruchem sfery niebieskiej. Był to drewniany pierwowzór instalacji lunety na statywie. I choć z badań plam na słońcu nie wyciągnięto pozytywnych wniosków to zasada działania jest obowiązująca w lunetach na całym świecie używanych przez astronomów. Międzynarodowa Unia Astronomiczna od nazwiska Malapert nazwała krater na księżycu i planetoidę krążącą między Marsem a Jowiszem.
Zakrystię i kościół wzniesiono w latach 1592-1597. Zakrystia przylegała do kościoła. Zakrystia oświetlona była dzięki dwóm dużym oknom . W roku 1665 zakrystia miała dębową podłogę. Z prezbiterium do zakrystii prowadziło ozdobne wejście przez drewniane drzwi i wąski korytarz prowadzący również do kolegium i na emporę kościoła gdzie był chór muzyczny. Po przejęciu posiadłości jezuickich przez pruski rząd w roku 1798 zakrystia została oddzielona od kościoła. W latach 1823–1824 zakrystię włączono do Pałacu Komisji Wojewódzkiej, dzisiejszego Starostwa. W roku 1824 w zakrystii znajdowała się spiżarnia a obok w pomieszczeniu była kuchnia. Schody prowadzące kiedyś do kościoła i pokoi księży prowadziły w tym okresie do pomieszczeń mieszkalnych na piętrze. W XIX wieku dobudowano zakrystię.
W roku 1773 na mocy papieskiego breve kasacyjnego papieża Klemensa XIV rozwiązano Towarzystwo Jezusowe. To jednak kościół nadal działał. Świątynia była kościołem katolickim, parafialnym przy szkołach Komisji Edukacji Narodowej. Po zawaleniu się kolegiaty przez kilka lat świątynia była jako kościół kolegiacki w latach 1783 do 1790. Świątynia była też kościołem bonifratrów, katolickiego zakonu szpitalnego, sprowadzonego z Warszawy do części zabudowań pojezuickich. W roku 1795 rząd pruski przejął posiadłości jezuickie. A w roku 1798 biskup Ignacy Krasicki zmuszony był przekazać kościół pojezuicki gminie ewangelickiej.
Gmina ewangelicka na początku liczyła kilkadziesiąt osób ale w roku 1823 miała już ponad 4000 członków. Wielu z nich to byli fabrykanci przybyli z zagranicy. Przystosowali wnętrze kościoła do własnych potrzeb. W roku 1822 usunęli ołtarze z bocznych naw pozostawiając ołtarz główny. Jednak i z niego usunęli figury świętych, założycieli zakonu. Zamurowano zbędne przejścia do kolegium i szkoły jezuickiej. Na ścianach pozostawili krucyfiksy i obrazy a powiesili portret Marcina Lutra. Przebudowali emporę chóru muzycznego, balkon chóru. W ołtarzu wielkim wstawiono obraz „Wniebowstąpienia Pańskiego„ z roku 1887 wykonany przez Augusta Bertelmanna.
Od roku 1945 kościół pw. św. Wojciecha i św. Stanisława Biskupa jest świątynią garnizonową choć w Kaliszu dziś nie ma koszar wojskowych. Charakter świątyni garnizonowej podkreślają tablice pamiątkowe umieszczone w nawie głównej, poświęcone generałom Władysławowi Andersowi i Mieczysławowi Makaremu Smorawińskiemu, pułkownikowi Florianowi Grylowi dowódcy stacjonującemu w Kaliszu 29 Pułku Strzelców Kaniowskich.
W latach 2018-2019 w kościele dokonano remontu. W ramach prac remontowo konserwatorskich wykonano konserwacje tynków elewacji, naprawę okien, modernizacje instalacji elektrycznej, wymianę instalacji c.o., prace przy konserwacji posadzki w nawie głównej, konserwację ołtarza głównego, ścian i sklepień wewnątrz budynku, sztukaterii i konserwację empory. W trakcie renowacji okryto pod tynkiem wiele malowideł z lat 1730–1750. Malowidła te pozwoliły określić położenie poszczególnych kaplic. Odnaleziono też ponad 140 zabytków metalowych w postaci monet, pierścieni itd. Znaleziska mogły być zagubione przez budowniczych w czasie przebudowy kościoła lub być wyposażeniem pochówków w postaci medalików z wizerunkiem Matki Boskiej czy np. zdobiony złoty guz kontuszowy, wisiorek.
W roku 1930 kościół pw. Świętego Wojciecha i Świętego Stanisława Biskupa w Kaliszu został wpisany na listę zabytków. Po II wojnie światowej świątynia została przekazana katolikom i funkcjonuje jako kościół garnizonowy . Parafia wojskowa pw. Świętego Wojciecha i Świętego Stanisława Biskupa w Kaliszu znajduje się w Dekanacie Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego. Od roku 2011 proboszczem jest ks. płk. Tadeusz Pałuska. Ordynariat Polowy Wojska Polskiego, to jest biskupstwo polowe inaczej diecezja wojskowa Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce, obejmują cały kraj oraz tereny polskich kontyngentów wojskowych. Ordynariat pełni posługę kapłańską pośród żołnierzy Sił Zbrojnych Rzeczypospolitej Polskiej. Kapelani Ordynariatu Polowego posiadają stopnie wojskowe a najniższym stopniem kapłanów jest podporucznik. Najwyższym stopniem wojskowym jest generał dywizji. Zwierzchnikiem ordynariatu jest biskup polowy. Ordynariat polowy obejmuje około 300 tysięcy wiernych nieuwzględnionych w podziale według diecezji i metropolii Kościoła katolickiego w Polsce. Jest 9 dekanatów w skład których wchodzą 83 parafie. Kaliski kościół garnizonowy, jako parafia erygowana była w roku 1993, należy do Dekanatu Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych, Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego. Dekanat Sił Powietrznych. W skład tego dekanatu wchodzi 15 parafii. Lokalizacja kościoła : Kalisz, Kościół Garnizonowy.
