Data powstania Kowala nie jest znana. Kowal istniał zapewne już w początkach kształtowania się naszej państwowości. Osadnictwu na tym terenie sprzyjały korzystne warunki obronne. Na wyspie wielkiego, nie istniejącego dziś jeziora, określanego przez Długosza nazwą Krzewiata, istniał zapewne gród warowny, a w jego pobliżu osada służebna zamieszkała w większości przez rzemieślników (kowali), wykonujących posługi na rzecz grodu.
Na 20 stycznia 1185 roku datowana jest pierwsza wzmianka źródłowa o Kowalu. Wtedy to książe mazowiecki Leszek wydał dokument, w którym nadał kanonikom włocławskim wieś Kowale wraz z kościołem, co świadczy, że na mapie kościelnej Kowal pojawił się bardzo wcześnie.
W XVIII wieku książe Kazimierz Kujawski traktował Kowal jako jedną ze swych rezydencji. W latach 1242-1252 wydał tutaj kilka ważnych dokumentów.
Na początku XIV wieku Kowal stał się siedzibą kasztelani. Dla historii miasta szczególnie ważną datą jest 30 kwietnia 1310 roku. Tego bowiem dnia na zamku w Kowalu urodził się przyszły król Polski Kazimierz Wielki.
W czasie wojny z Władysławem Łokietkiem Krzyżacy dwukrotnie, w 1327 i 1331 roku, napadali i zniszczyli zamek w Kowalu wraz z osadą. W 1332 roku zajęli Kujawy, ustanawiając w Kowalu komturię.
Kowal wrócił do Polski po pokoju kaliskim w 1343 roku. Kazimierz Wielki odbudował i wzmocnił zamek. Nadał także Kowalowi prawa miejskie, magdeburskie lokując go na 52 łanach.
Znaczenie miasta wzrosło wraz z rozwojem handlu między miastami krzyżackimi a Rusią. Kowal leżał na szlaku wiodącym z Torunia do Lwowa.
W połowie XIV wieku istniała tutaj komora celna.
W 1387 roku Abraham Socha, wojewoda płocki, opanował miasto wraz z zamkiem na rzecz księcia mazowieckiego Ziemowita. Ponownie przyłączył do Polski Kowal Władysław Jagiełło. Król ten na zamku kowalskim przyjął w roku 1420 panów czeskich z Wernerem z Rankowa na czele, którzy ofiarowali mu koronę Czech.
Kowal w tym czasie należał do znaczniejszych miast województwa brzesko-kujawskiego. Stanowił siedzibę starostów grodowych, rezydujących na zamku i sprawujących władzę administracyjną i sądowniczą na terenie powiatu kowalskiego.
W 1459 Kowal został zobowiązany do wysłania 8 pieszych na wojnę z Krzyżakami, co świadczy o jego znaczeniu. W roku 1519 król Zygmunt Stary dokonał drugiej lokacji miasta. Na początku XVII wieku liczyło ono 240 domów, co pozwala szacować ludność na około 1440 osób.
W drugiej połowie XVII wieku, po potopie szwedzkim w Kowalu zostało jedynie 30 domów. Odbudową zamku zajął się starosta Morsztyn. Kowal nie wrócił już do dawnej świetności.
Po rozbiorach Kowal znalazł się w zaborze pruskim, w latach 1807-1815 w granicach Księstwa Warszawskiego, a od 1815 w Królestwie Polskim. W tym czasie miasto pełniło funkcję ośrodka handlu, głównie zbożem oraz rzemiosła.
W końcu XVIII wieku i na początku XIX wieku z pejzażu miasta zniknęły niektóre budowle. W latach 90. XVIII wieku rozebrano zamek, w 1804r. kościół św.Mikołaja, w 1824 kościół św. Fabiana i Sebastiana, natomiast w 1832 roku spalił się kościół św. Ducha.
W roku 1836 zlikwidowany został powiat kowalski, a w roku 1870 w ramach represji po upadku powstania styczniowego Kowalowi odebrano prawa miejskie. Odzyskanie praw miejskich nastąpiło po odzyskaniu niepodległości w 1919 roku.
W okresie międzywojennym Kowal stanowił znaczący ośrodek rzemieślniczo-handlowy. Istniały tu młyny, wiatraki, tartaki i olejarnie. Życie gospodarcze ożywiały cotygodniowe targi oraz jarmarki. Pod względem materialnym najbardziej znaczącymi i trwałymi osiągnięciami tych lat są: budynek szkolny przy ulicy Kazimierza Wielkiego- obecnie siedziba Zespołu Szkół Rolniczych oraz Dom Ludowy, który dał początek dzisiejszej remizie straży pożarnej. W okresie międzywojennym miasto liczyło od 4000 do 5000 mieszkańców stanowiąc mozaikę trzech narodowości: polskiej, żydowskiej i niemieckiej. Na obrzeżach Kowala znajdowały się trzy cmentarze wyznaniowe: katolicki, żydowski i ewangelicki.
Cmentarz żydowski, synagoga i sami Żydzi stali się ofiarami nazizmu - z 1500 mieszkańców Kowala pochodzenia żydowskiego po wojnie wróciło z gett i obozów zaledwie 13.
Ofiarami wojny stali się także mieszkańcy Kowala narodowości polskiej. Dziesiątki osób zginęły w wyniku działań wojennych oraz w hitlerowskich obozach i więzieniach. W czasie okupacji Niemcy rozebrali jeden z ostatnich zabytków miasta - kaplicę św. Rocha znajdującą się u zbiegu ulic Kościuszki i Wojska Polskiego. Po zakończeniu wojny Kowal liczył 3000 mieszkańców. Powstająca infrastruktura była typowa dla okresu PRL. Ukierunkowano ją na obsługę pobliskiej rolniczej gminy. Wraz z likwidacją prywatnego handlu, przetwórstwa i usług Kowal stracił swoje znaczenie jako centrum okolicy. W mieście założono Gminną Spółdzielnię, Spółdzielnię Kółek Rolniczych oraz Bank Spółdzielczy.
Miejscem pracy wielu mieszkańców Kowala była funkcjonująca do początku lat 90. stolarnia - filia Włocławskich Fabryk Mebli, a przede wszystkim zakłady i fabryki pobliskiego Włocławka , dla którego Kowal stał się jedną z "sypialni".
Trwały dorobek tego okresu stanowi liceum ogólnokształcące, przedszkole miejskie oraz szkoła podstawowa, której siedzibę przeniesiono w 1959 roku do nowego budynku przy ulicy Piwnej, rozbudowanego o 12 sal lekcyjnych i salę gimnastyczną w połowie lat 70. W latach 60. i 70. wybudowano także stadion sportowy, ośrodek zdrowia liczne jedno- i wielorodzinne budynki mieszkalne, znacząco uporządkowano gospodarkę komunalną poprzez rozpoczęcie budowy wodociągu miejskiego, wyasfaltowanie ulic w centrum. Osiągnięciem lat 80. jest przede wszystkim dworzec autobusowy, rozbudowana na wszystkie ulice miasta sieć wodociągowa, ułożenie kolektora magistralnego kanalizacji, co umożliwiło wybudowanie w latach 90. oczyszczalni ścieków wraz z siecią kanalizacji sanitarnej.
