Za udział zakonników w Powstaniu Styczniowym, klasztor uległ kasacie (8 listopada 1864 r). Jeden z zakonników, powstańców styczniowych - Józef Sawicki - został skazany na śmierć i stracony. Drugi zakonnik, powstaniec styczniowy, łagiewnicki gwardian, ojciec Leon Godlewski, został w 1889 r zesłany na Syberię. W 1902 r w Łagiewnikach utworzono parafię. Obecnie klasztor należy do Zakonu Franciszkanów.