Śledztwo, które gubernator kownieński polecił przeprowadzić przeciw biskupowi Wołonczewskiemu o to, że pisząc do księdza Onufrego Jassewicza, pozbawionego godności duchownej, nazwał go księdzem, wykryło listę księży diecezji kownieńskiej, których rząd rosyjski karał w latach 1863 – 1865. Między nimi wskazany jest ksiądz Jan Plewako, ale bez wymienienia, dokąd został wysłany.
Komisja Śledcza Dynaburska 19 maja 1864 r. zaproponowała księdza Jana Plewako uwolnić od odpowiedzialności sądowej.
Czasowy Polityczny Audytoriat, przejrzawszy sprawę księdza Juliana Kiełpsza i innych, znalazł, że wmieszany jest do niej proboszcz parafii hanuszyskiej powiatu nowoaleksandrowskiego, guberni kownieńskiej, ksiądz Jan Plewako o to, że dopuścił w swoim kościele powstańcom czytać odezwę rewolucyjną i że pobudzał swoich parafian, gdy przechodziła tamtędy partia, do powstania.
Zważywszy to wszystko, czasowy Audytoriat Polityczny 6 marca 1865 r. Nr 921 postawił wniosek: księdza Jana Plewako, będącego pod zarzutem spotykania partii powstańców i obecności podczas czytania w jego kościele odezwy rewolucyjnej, chociaż to nie zostało mu dowiedzione, zgodnie z p.9 przepisów z 11 maja 1863 r. i na mocy okoliczności w procesie stwierdzonych, stwierdzających jego zupełną nieprawomyślność, która nie pozwala na dalszy pobyt jego w kraju tutejszym, wysłać na stałe mieszkanie pod surowy dozór policji do guberni ołonieckiej (ołówkiem nad „ołonieckiej” napisane „riazanskiej") Majątek jego zostawić pod sekwestrem.