Pragnąc jaknajrychlej wywołać powstanie i pokładając wielkie nadzieje w organizacyi wojskowej, Dąbrowski osnuł plan następujący. Powstanie wybuchnie w Warszawie. Część sił rewolucyjnych prowadzić będzie walkę na barykadach, część zaś rzuci się na cytadelę i zdobędzie ją przy pomocy wciągniętych do spisku oficerów. Oficerowie wydadzą też powstańcom dwie inne twierdze, Modlin i Dęblin. Wtedy powstanie będzie mogło rozszerzyć się po całym kraju i przybrać potężne rozmiary. Ufność Dąbrowskiego udzieliła się i innym, i naznaczono nawet termin powstania na 14 lipca 1862 roku. Jednakże, gdy od oficerów-spiskowców zażądano stanowczego oświadczenia, czy można liczyć na ich żołnierzy, to dwóch tylko dało twierdzącą odpowiedź. Wobec tego naturalnie trzeba było owego planu zaniechać. Prócz tego rząd wpadł na ślad organizacyi wojskowej i kilku jej członków uwię ził. Trzech z nich, porucznika Arnholda, finlandczyka, podporucznika Śliwickiego, rusina, i podoficera Rostkowskiego. polaka, skazano na karę śmierci; wyrok Wykonano 28 czerwca w Modlinie. Wkrótce aresztowano i Dąbrowskiego. Stało się to w następu jący sposób. Dnia 7 sierpnia młodziutki litograf Ryli zrobił zamach na margrabiego Wielopolskiego, którego car świeżo mianował naczelni kiem rządu cywilnego w Królestwie Polskiem. Dąbrowski brał udział w przygotowaniach do zamachu. Ponieważ dostęp do margrabiego był trudny, więc Dąbrowski zaproponował, aby Ryli przyodział się w mundur oficerski. Dąbrowski wystarał się o mundur, i Ryli przymierzał go. Czy dlatego, że mundur żle na nim leżał, czy też dlatego, że guziki nie były jeszcze przyszyte dość, że Ryli nie przebrał się za oficera, i mundur został w mieszkaniu Dąbrowskiego. Rylla po nieudatnym zamachu aresztowano, i podczas śledztwa wyszła na jaw sprawa z owym mundurem. Podejrzenie policyi padło na Dąbrowskiego i 14 sierpnia 1862 r. osadzono go w cytadeli. Dąbrowski jednak wy- tłómaczył się łatwo z posiadania munduru, Ryli zaś przy konfrontacyi z Dąbrowskim oświadczył, że „tego pana nie zna u . Dnia 30 grudnia oddano Dąbrowskiego pod sąd wojenny, który wyrokiem z 11 sierpnia 1863 r. uznał Dąbrowskiego niewinnym. Mimo to zatrzymano go w cytadeli, jako podejrzanego. Dąbrowski musiał tedy siedzieć w więzieniu, kiedy na ziemi polskiej wrzał zawzięty bój z najezdnikiem. Odcięty od świata, wi dując się tylko z swą narzeczoną, Pelagią Zgliszczyńską (z którą w kwietniu 1864 r. wziął ślub w cytadeli), powziął plan niesłychanie śmiały. Oto chciał ni mniej ni więcej, jak wywołać ''rewolucyę więzienną''. u Za pośrednictwem narzeczonej swej, prosił Rząd Narodowy, aby mu dostarczono rewolweru i planu okolic Warszawy. Dąbrowski podejmował się porozumieć z więźniami, którymi cytadela była zapełniona, wieczorem w W. Sobotę, kiedy ''każdy prawowity moskal jest pijany'', wezwać do swej celi żandarma, stojącego na straży w korytarzu, palnąć mu w łeb, potem wyjść, pootwierać cele i wypuścić więźniów ; wtedy wszyscy razem rozbroją straż i odwach na dole, wyjdą gromadnie z X pawilonu, podpalą prochownię, wysadzą cytadelę w po wietrze, a sami, korzystając z zamieszania, uciekną. Dąbrowski prosił jeszcze, by gdzieś w pobliżu Warszawy stały gotowe bryczki i konie oraz jaki oddziałek powstańczy. Rząd Narodowy uczynił zadość prośbie Dąbrowskiego, dostarczył mu rewolweru, zgromadził w okolicach War szawy oddział powstańców; ale koledzy więzienni Dąbrowskiego stanowczo oparli się jego zamiarowi. Wobec tego rzecz nie doszła do skutku. Po dwóch latach pobytu w cytadeli, Dąbrowski zwrócił się do namiestnika hr. Berga z prośbą, aby raz wreszcie zakończono jego sprawę i wysłano go do miasteczka Ardatowa, gdzie przebywała w „zsyłce** jego żona. Przez ten czas jednak władze moskiewskie do wiedziały się o prawdziwej roli Dąbrowskiego w ruchu rewolucyjnym. Sąd wojenny skazał go na śmierć, namiestnik wszakże złagodził wyrok, skazując Dąbrowskiego na ''pozbawienie praw stanu, szlachectwa, stopnia oficerskiego, medalu i orderu św. Stanisława i zesłanie do ciężkich robót na lat piętnaście, połączone z konfiskatą wszelkiego bądź to odziedziczonego, bądź osobiście nabytego mienia''. W listopadzie 1864 r. Dąbrowskiego wywieziono z Warszawy i osadzono tymczasowo w moskiewskiem więzieniu etapowetn na ''Kołomażnym Dworie''. Stąd Dąbrowskiemu przy pomocy przyjaciół udało się zbiedz.
Rosyjski historyk powstania, Mikołaj Berg, tak opisuje tę śmiałą ucieczkę: „W jednym z przyległych (do więzienia) zaułków powstała polska garkuchnia. Więźniom pozwalano brać jadło z tej gar- kuchni. Na jadalnię przeznaczona była osobna izba obok bramy wchodowej. Otóż pewnego dnia jedna ze służących przyniosła w koszyku pod talerzami ubranie kobiece, w które się Dąbrowski podczas obiadu przebrał, poczem, otuliwszy głowę i twarz chustką, wyszedł spokojnie przez bramę więzienną wraz z innemi służącemi. Na razie ukryty w kuchni zbieg dostał się wieczorem do mieszkania niejakiego Szestakowicza, ucznia gimnazyum kazańskiego, u którego przemieszkał przez cały grudzień 1864 r. W początkach stycznia 1865 r. Dąbrowski wyjechał do Petersburga, gdzie miał licznych przyjaciół i znajomych. Z ich po mocą udało mu się uwolnić żonę, która przebywała w Ardatowie na zesłaniu.
W roku 1866 wybuchła wojna między Austryą a Prusami i Włochami. Polacy nie mogli oczywiście popierać ani Austryi, ani Prus, ale stanęli po stronie Włoch, które dążyły do odebrania Austryi Wenecyi. Rząd włoski zgodził się na utworzenie przy swej armii dwóch legionów cudzoziemskich : węgierskiego i polskiego. Dowódzcą legionu polskiego miał być jenerał Bosak-Hauke, który zaszczytnie odznaczył się w po wstaniu 1868 r., szefem jego sztabu — Jarosław Dąbrowski.