Wieś Trzebunia powstała prawdopodobnie w XIV w.
Od początku swego istnienia była osadą królewską. Już akt lokacyjny Stróży, datowany 1348 r. wymienia nazwę rzeki Trzebunki (Strzebuna).
W 1410 r. król Władysław Jagiełło w uznaniu zasług marszałka wielkiego koronnego Zbigniewa z Brzezia, dowódcy chorągwi królewskich w bitwie pod Grunwaldem, nadał mu starostwo lanckorońskie: miasto Lanckoronę z zamkiem i dwoma przedmieściami oraz 16 wsi. Ich nazwy wymienia inwentarz sporządzony przy podziale starostwa między synów Zbigniewa, Jana i Mikołaja w roku 1443. Były to: Izdebnik, Biertowice, Rudnik, Sułkowice, Jasienica, Harbutowice, Palcza, Skawinki, Zachełmna, Budzów, Maków, Juszczyn, Kojszówka, Jachówka, Bienkówka i Trzebunia (Trzebunya).
Według tradycji, w Trzebuni mieszkało początkowo 17 osadników, a ich domostwa usytuowane były w pobliżu dzisiejszej roli Jaroszowej.(Sosyna). Trudnili się oni wyrobem gontów i beczek oraz wypalaniem węgla drzewnego. Węgiel drzewny wytwarzano w niewielkich warsztatach zwanych mielerzami. Węglarze brali surowiec, jakim było bukowe drzewo, z lasów Kotonia i Parszywki. Wkrótce Trzebunia i sąsiednia Bieńkówka stały się jednym z największych ośrodków przetwórstwa drzewnego w tej części kraju. Jedną z obowiązków poddańczych węglarzy było dostarczanie na zamek lanckoroński wozu węgla i smoły rocznie. Z tego powodu jedna z hipotez wywodzi nazwę wsi od wytrzebionego lasu. Druga – ciekawsza – mówi o trzech baniach, czyli kopalniach. Niestety, do dziś nie wiadomo, o jakie kopalnie chodzi. W średniowieczu w Trzebuni funkcjonowały jedynie kamieniołomy, ale tradycja i nazwa Złoty Potok przemawia za tym, że mogło tu chodzić o jakieś kruszce.
Prócz wypalania węgla i smoły Trzebunianie do końca XVI w. trudnili się pasterstwem. Rejestry z tego okresu mówią o stadach liczących 500 sztuk owiec. Z 1452 r. pochodzi pierwsza wzmianka o trzebuńskiej hucie szkła, zwanej potocznie „hutą myślenicką”.
W tym roku z rąk Marcina z Myślenic hutę wykupił za 5 grzywien Szymon ze Stróży. Przez ponad pół wieku (od 1552 r.) hutę dzierżył Jan Malina.Zakład znacznie się rozwinął (była tu m.in. malarnia i szlifiernia) i dobrze prosperował. Wytwarzane w tej hucie szklenice zachwalał w swych utworach Mikołaj Rej, częsty gość Wawrzyńca Spytka Jordana we dworze w Myślenicach. Wyroby huty sprzedawano na krakowskim rynku. Na początku XVII stulecia produkowano tu 6.000 szyb większych, 5.000 mniejszych, 80 tuzinów szklanek i kieliszków, 240 flaszek oraz 60 sztuk szkła malowanego i rysowanego. Zakład upadł po śmierci szklarza przed rokiem 1612, gdyż nie miał go kto prowadzić.
Dnia 2 listopada 1504 r. wnukowie Zbigniewa z Brzezia, Stanisław i Mikołaj Lanckorońscy otrzymali od króla Aleksandra Jagiellończyka przywilej lokowania wsi Trzebunya nad rzeką Trzebonka. Chodziło tu o przeniesienie osady z prawa polskiego na niemieckie. Wieś w opisanych granicach mogła mieć dowolną ilość łanów. Dla sołectwa król wyznaczył 2 łany wolne od czynszu, a także młyn i karczmę. Sołtysów wsi, ludzi stanu szlacheckiego nadzorujących wypełnianie powinności przez chłopów i sprawujących władzę sądowniczą wyznaczali dziedzice – starostowie lanckorońscy. Obowiązkiem sołtysa było stawać na wojnę konno i z kuszą, ale mógł się od tego wykupić płacąc do zamku lanckorońskiego 4 złote.
W tym czasie wieś należała do parafii w Sułkowicach, płacąc od każdego kmiecia półtora grosza mesznego rocznie.Inwentarz z 1564 r. wymienia w Trzebuni 24 z dawna osiadłych kmieci oraz grupę nowo przybyłych osadników – zarębników. We wsi był młyn, karczma i huta szkła. Kolejnych danych o rozwoju wsi dostarczają rejestry poborowe. W roku 1581 był tu 1 łan sołtysi i 1 kmiecy, 5 komorników, 2 rzemieślników i 14 zarębników. W XVII w. odprowadzano pobór od 2 łanów sołtysich, 14 zarębników, 6 komorników, 2 rzemieślników i 3 młynów (sołtysiego i dwóch dzierżawionych przez gromadę).
Na terenie Trzebuni około 1496 r. znajdowała się pustelnia. Mieszkał w niej pustelnik nazwiskiem Ruta-Rutkowski. Około 1615 r. postawiono w Trzebuni drewnianą kapliczkę pod wezwaniem św. Andrzeja.
Stała nad Trzebunką, na dzisiejszej roli Łatasowej. I chociaż ksiądz z Sułkowic przyjeżdżał tu rzadko, bo droga była trudna, mieszkańcy Trzebuni i tak nazywali kaplicę swoim kościołem. Posiadała jeden ołtarz. Jej konsekratorem był prawdopodobnie biskup Piotr Tylicki.
Druga połowa XVII w. to okres buntów chłopskich we wsiach kasztelanii krakowskiej i starostwa lanckorońskiego. W 1670 r. chłopi z Trzebuni wzięli udział w manifestacji na rynku w Lanckoronie, zorganizowanej przeciwko dziedziczce Mariannie Zebrzydowskiej. Kolejne wystąpienia miały miejsce w 1699 r., za czasów sprawowania urzędu starosty przez Józefa Słuszkę.
Dzięki zapotrzebowaniu na wyroby „przemysłu” drzewnego Trzebunia szybko się rozwijała. W 1729 r. liczy ok. 600 mieszkańców (95 domów), będąc największą spośród 29 wsi starostwa (miasto Lanckorona liczyło wtedy ok. 750 mieszkańców). W 1752 r. zagospodarowana była już niemal cała dolina – Trzebunia miał 33 role kmiece, ponadto mieszkało tu 10 zarębnikow i 2 zagrodników. Na Trzebunce funkcjonowało 5 młynów. Sołectwo miało 2 łany ziemi, oprócz sołtysa mieszkało tu 15 zagrodników. Pod koniec XVIII w. (1780 r.) wieś zamieszkiwały 1203 osoby w 216 rodzinach. Na ogólną liczbę 183 domów przypadało 14 koni i 86 wołów.
W tym stuleciu Trzebunię nawiedziła niespotykana klęska żywiołowa. Olbrzymie opady spowodowały zniszczenia pól uprawnych na ogromnej powierzchni. Wezbrane wody Trzebunki podmyły drewniany kościółek, który osunął się do wody i spłynął kilkaset metrów pod rolę Balinkową, gdzie roztrzaskał się o pień olbrzymiej topoli. Elementy wyposażenia porwała woda. W miejscu, z którego wydobyto kropielnicę, wytrysnęło źródełko. Dzwony kościelne woda porwała ponoć aż do Drogini i zawisły one w tamtejszym kościele. . W 1684 r. była Trzebuni nowa kaplica o fundamentach częściowo kamiennych, częściowo dębowych. Była początkowo bez wierzy. Miała trzy ołtarze i małą zakrystię. Obok głównego patrona miała też za patronkę św. Marię Magdalenę. W 1773 r. rozpoczęto budowę nowej, już murowanej świątyni. Uroczyste otwarcie nowego kościoła nastąpiło 22 lipca 1799 r. Dokonał tego ks. Ambroży Lisiecki. Na organach na ten dzień grał ks. Augustyn Knapczyński. Kościół w 1829 r. był odnowiony, a konsekrowany 7 VII 1808.
Po I rozbiorze Polski rząd austriacki zlikwidował starostwo lanckorońskie, a w 1777 r. sprzedał okoliczne wsie w ręce prywatne. Myślenice i kilkanaście pobliskich wsi, w tym Trzebunię zakupiła księżna Kurlandii, Żmudzi i Semigalii Franciszka Krasińska, żona królewicza Karola, syna króla Augusta III Sasa. W 1788 r. dobra te odziedziczyła córka Franciszki, księżna Sabaudii Maria Carignan (de Montléart po drugim mężu, francuskim arystokracie). Kolejną dziedziczką była w l. 1851–74 jej córka Augusta de Montléart, znana jako „chłopska księżna”, od której nabyła okoliczne majątki księżna Cecylia Lubomirska. Księżna ta w miejscu dawnego dworu sołtysiego nakazała ok. 1880 r. postawić leśniczówkę, której budynek stoi do dziś.
Latem 1847 r. w całej okolicy wystąpiła klęska nieurodzaju, połączona z epidemiami tyfusu i duru brzusznego. Zebrała ona w Trzebuni okrutne żniwo – zmarło 650 osób, które pochowano na cmentarzu w lesie Leszczyny na roli Stopkowej.
Z kroniki parafialnej Sułkowic dowiadujemy się, że 7 IV 1849 r. został wystawiony dekret ministerialny we Lwowie oddzielający Trzebunię od Sułkowic i zatwierdzający nową parafię. Nie zachował się akt erekcyjny. Schematyzm diecezji tarnowskiej z 1850 r. w dekanacie myślenickim wyszczególnia już parafię Trzebunia.
Do parafi należała Trzebunia, Więciórka i Zawadka. Pierwszym proboszczem został ks. Józef Hanuszkowski. W dobie autonomii galicyjskiej zadbano o rozwój szkolnictwa na wsi. Pierwszą szkołę założono w Trzebuni w roku 1875. Do następnego roku, staraniem ówczesnego proboszcza ks. Antoniego Opidowicza kosztem 15.000 zł wybudowano osobny budynek szkoły z mieszkaniami dla kierownika szkoły, wikarego i organisty. W tym czasie (1880 r.) w Trzebuni mieszkały 1664 osoby, w tym jedna rodzina żydowska. Wieś liczyła 287 domów.W 20 lat później wieś liczy już 323 domy i 1712 mieszkańców. Trzebunianie słynęli w okolicy ze swej gospodarności i zaradności. Przeciętne gospodarstwo miało ponad 6 ha ziemi, ponadto do dworu należało 366 ha użytków rolnych i las na Kotoniu. W tym trudnym okresie część mieszkańców Trzebuni poszukiwała pracy za granicą, wyjeżdżając na tzw. saksy na Litwę, do Niemiec, Francji czy Stanów Zjednoczonych.
Podczas I Wojny Światowej wielu gospodarzy walczyło w szeregach armii austro-węgierskiej na froncie rosyjskim
i włoskim. W listopadzie 1914 r. działania wojenne zbliżyły się do Myślenic. W obawie przed postępami Rosjan, dowództwo wojsk cesarskich nakazało mieszkańcom okolicznych wsi wykonać fortyfikacje ciągnące się od Babicy po Harbutowice, które zachowały się do dziś. W okresie międzywojennym wieś stopniowo rozwijała się. W roku 1922 zakupiono nowy budynek dla potrzeb szkoły, a w roku 1937r. uruchomiono pocztę. W tym czasie wójtem gminy Pcim był mieszkaniec Trzebuni, Władysław Oskwarek.
Podczas kampanii wrześniowej pierwsze wojska niemieckie wkroczyły do Trzebuni od strony Więciórki. W odwecie za zaminowanie mostków na Trzebunce przez cofające się Wojsko Polskie, Niemcy spalili zabudowania roli Bochniowej i Francuzowej – w sumie 12 gospodarstw. Jeden z oddziałów wroga ostrzelał grupę cywilów uciekających do lasu, w wyniku czego zginęły 2 osoby (Jan Oskwarek
z Trzebuni i Józef Wicher z Łetowni).
Wkrótce w okolicy zaczęła kwitnąć konspiracja. Największe wpływy mieli przed wojną w Trzebuni ludowcy, toteż szczególnie prężnie rozwijały się tu struktury Batalionów Chłopskich. W Trzebuni znajdowała się również najdalej na północ wysunięta placówka osławionej Konfederacji Tatrzańskiej. W ruch oporu zaangażował się ks. katecheta Julian Garski, który w 1941 r. zmuszony był wyjechać z tego terenu poszukiwany przez gestapo. W 1944 r.
w okolicy rozpoczął działalność oddział BCh „Iskra”, dowodzony przez Mieczysława Ślusarczyka, którego trzon stanowili mieszkańcy Trzebuni. W maju 1944 r. partyzanci wykonano wyrok na kolaborancie – sołtysie wsi.
Od września 1944 r. w okolicy przebywało kilka oddziałów AK, m.in. oddział „Limba” por. Zbigniewa Kamińskiego „Poboga”, zgrupowanie „Żelbet” ppor. Jana Zienkowicza „Siekierza” i przybyły spod Olkusza oddział por. Gerarda Woźnicy „Hardego”. Ten ostatni urządził sobie bazę w lesie Gościbia. Na przełomie 1944 i 1945 r. w Trzebuni kwaterował również radziecki oddział zwiadowczy „Głos” kpt. Jewgienija Bieriezniaka „Michajłowa”. Nasycenie terenu partyzantką sprowadziło niemieckie ekspedycje karne, zakończone bitwami na Zawadce
(29 XI 1944 r.) oraz w Gościbii (12 I 1945 r.). Na trzebuńskim cmentarzu pochowano poległych na Zawadce sześciu partyzantów „Żelbetu”.
Dnia 22 stycznia 1945 r. do Trzebuni po krótkich utarczkach wkroczyły wojska Armii Czerwonej. Już w kilka miesięcy po zakończeniu wojny w okolicy działały oddziały partyzantki antykomunistycznej, do których należało kilku mieszkańców wsi. Jednym z nich był oddział Franciszka Łuczaka „Wróbla”, działający w rejonie Koskowej Góry w ramach zgrupowania mjr Józefa Kurasia „Ognia”. Trzebunia stanowiła również jedną z kryjówek legendarnego Jana Sałapatka „Orła”, jednego z ostatnich „żołnierzy wyklętych”, który zginął tu w zasadzce UB
w styczniu 1955 r.
Do rangi symboli urosła w Trzebuni walka o krzyże w salach szkolnych. Doszło tu nawet do otwartej bitwy
z milicją, za co wiele osób zostało skazanych. Te i podobne przypadki sprawiły, że Trzebunia zyskała miano wsi buntowniczej i przez lata nie czyniono tu większych inwestycji. Elektryfikacja wsi miała miejsce dopiero w 1972r. Również infrastruktura drogowa
i telekomunikacyjna pozostawiała wiele do życzenia. Poprawa sytuacji nastąpiła dopiero w ostatnich latach.
Dotychczas o historii miejscowości pisano niewiele, za to żywa jest do dziś przebogata tradycja ustna. Kronika parafialna – cenne źródło informacji historycznych – zaginęła, za to kronika szkolna prowadzona jest od samego początku (tj. 1875 r.). Powstało również kilka prac napisanych przez rodowitych mieszkańców Trzebuni. Jedną
z nich, stanowiącą wspaniały dokument życia na wsi w okresie międzywojennym napisał Antoni Kiełbus.
Dziś Trzebunia jest urokliwą, gościnną, atrakcyjną dla turystów i letników miejscowością. Wchodzi ona w skład gminy Pcim.
http://www.orzeltrzebunia.pcim.pl/index ... &showall=1