Urodzony w Krakowie 1794 roku, wcześnie zaciągnął się do wojska; w 1813 r. był podoficerem; za czasów Królestwa kongresowego oddał się naukom wojskowym i w 1822 r. został profesorem w szkole artyleryi w Warszawie. W powstaniu listopadowem otrzymał stopień kapitana artyleryi i krzyż virtuti mili tar i. Po skończonej kampanii, dostał się do Norwegii, gdzie był naczelnym inżynierem rządowym w Christianii. W czasie wojny krymskiej, prosił o urlop nie ograniczony, żeby się udać na plac boju; gdy rząd norwegski urlopu od mówił, podał się do dymisyi i na Wschód pospieszył. Był jeneralnym kwatermistrzem dywizyi jenerała Zamoyskiego, w stopniu majora; ale nie długo już kampania trwała, a po jej ukończeniu Waligórski powrócił znowu do Norwegii, gdzie miał zasługi. Dawniejszą jednak posadę swoję znalazł już przez innego zajętą; pozostały mu więc tylko przedsiębierstwa prywatne. Podjął się przekopania kanału, w celu połączenia z sobą dwóch zatok morskich, w mieście Moss, o sześć mil od Christianii; przy wykona niu jednak tego przedsięwzięcia natrafił na nieprzewidziane w pokładach miejscowych trudności, które spowodowały wielkie koszta i zupełną biednego przedsiębiercy ruinę. Opuścił powtórnie Norwegią, zostawiwszy tam pamiątkę po sobie: mapę geograficzną tego kraju, do dziś dnia poczytywaną za najlepszą. W tym czasie stracił żonę. Znalazłszy się we Francyi, wezwanym został 1862 r. na profesora matematyki do szkoły wojskowej polskiej w Cuneo, zostającej wtenczas pod zarządem jenerała Wysockiego.
Na pierwszą wieść o powstaniu 22 stycznia 1863 r. pospieszył z 15-letnim synem do Krakowa, i z młodzieńczą energią organizował oddziały w obozie Langiewicza. Mianowany przez rząd narodowy pułkownikiem i jenerałem, po wejściu Langiewicza do Galicyi, przyłączył się do oddziału Jeziorańskiego, udającego się w Lubelskie. Pod Kobylanką, dnia 6 maja 1863 roku złożył dowód wielkiego serca; kiedy swój oddział miał powtórnie prowadzić do ataku, przyniesiono mu wiadomość o śmierci młodziutkiego syna. Na tę wieść zalał się łzami, ale po chwili: „to nie miejsce, rzeki, na takie raporta; pierwej byłem Polakiem niż ojcemi zwracając się do podwładnych silnym głosem zawołał: „baczność! naprzód!“ i kolumnę swoję w ogień poprowadził. Jego energii, zdrowym radom, i uległości wodzowi, której przykład wszystkim dawał, przypisują głównie świetny rezultat tej potyczki. Kiedy Jeziorański przez wojska rosyjskie wpartym został do Galicyi, wtenczas Waligórski raz jeszcze, dla organizowania nowych oddziałów w Lubelskie się udał, i jeden z ostatnich pomiędzy walczącymi kraj opuścił.
Wróciwszy do Paryża, zamieszkał na Batignolach i utrzymywał się z rysowania map dla francuzkiego towarzystwa geograficznego. W czasie oblężenia Paryża przez Prusaków, zaciągnął się do gwardyi narodowej paryzkiej jako prosty żołnierz, i całą służbę pełnił. Po zawarciu pokoju ciężko na reumatyzm zapadł i czas rządów komuny w łóżku przeleżał; pomimo to, wśród roznamiętnie- nia tej chwili, za winy innych rodaków do odpowiedzialności pociągnięty, osm miesięcy na pontonach w Cherburgu przebył, zkąd go sąd jako zupełnie niewinnego uwolnił. Próba jednak była zbyt ciężką; wrócił do Paryża zgrzybiałym starcem. Ośm dni spędził w szpitalu św. Ludwika, zkąd do Domu św. Kazimierza przeniesiony, tamże po trzech dniach, na ręku jenerała Wysockiego Bogu ducha oddał, dnia 19 lipca 1873 roku. Pochowany na cmentarzu Ivry. Do grobu odprowadziły go dzieci polskie w Zakładzie tym wychowywane, Siostry Miłosierdzia i garstka braci tułaczy.
